La Laguna cuenta con tres fuentes de agua, el Río Nazas, el Río Aguanaval y el sistema de acuíferos dentro de los cuales el Acuífero Principales el más importante (este será tomado como base para estimar la disponibilidad de agua subterránea en la Laguna).
Hidrológicamente, La Laguna se encuentra localizada en la parte baja de la Región Hidrológica 36, pues ésta es una de las 37 que contiene el país; la cual se divide en dos cuencas, la Cuenca del Río Nazas y la Cuenca del Río Aguanaval, y estas dos cuencas se dividen en 13 subcuencas, de las cuales, las más importantes, por su aportación de agua, al desarrollo de la Laguna son: Salomé Acosta, La Palmito y la Sardinas, localizadas en la parte alta de la cuenca del Nazas; entre las tres otorgan el 74 por ciento de los 920 millones de m3 cúbicos, Mm3, que en promedio anual entran al distrito de riego para regar las 60,000 hectáreas que se atienden con esta infraestructura. Además del agua que aporta el Río Nazas, el Río Agunaval aporta 183 Mm3 (ORSTOM, Instituto Frances de la Investigación Científica para el Desarrollo, en conjunto con el Instituto Nacional de Investigaciones Agrícolas y Pecuarias, con el desarrollo del proyeccto ESTUDIO DE LOS FACTORES QUE INFLUENCIAN LOS ESCURRIMIENTOS Y USO DEL AGUA EN LA REGIÓN HIDROOGICA 36,1993). De la misma manera, la CNA (Actualización de la Disponibilidad Media Anual de Agua en el Acuífero Principal, Región Lagunera (0523), Estado de Coahuila, publicado en el DOF, 2015) asienta que el balance hidrológico del acuífero principal de la Laguna es 519, 702 y 1,222 Mm3 de recarga, concesión y extracción respectivamente. De acuerdo a lo anterior, el acuífero, con 519 de recarga, 702 de concesión y 1,222 Mm3 de extracción, cuenta con una sobreconseción de 183 Mm3 y una sobrextracción de 703 Mm3 respecto a la recarga y una sobreextracción de 520 Mm3 respecto al volumen concesionado. En el mismo sentido, la Comisión Estatal de Agua del Estado de Durango, en su proyecto, Estudio de Estabilización del Acuífero Principal de la Comarca Laguna, 2014) acevera que en el Acuífero principal, hay un aprovechamiento total de 1,722 Mm3, con lo cual se asienta que el acuífero esta siendo sobreexplotado en 1,203 Mm3 respecto a su recarga y 1,020 respecto a su concesión.
Por lo anterior, La Laguna cuenta con una disponibilidad promedio anual de agua de: 1,622 Mm3; los 920 provenientes del Rio Nazas, 183, del Río Aguanaval y 519 del acuífero; sin embargo, en números reales, solo cuenta con 419 Mm3 (los 1,622 menos 1,203) respecto a la recarga o 602 Mm3 (1,622 menos 1,020) respecto a su concesión. Las 120,000 hectáreas que se manejan en promedio en la Laguna (60,00 con agua de gravedad y 60,000 con agua del subsuelo), se riegan con 2,825 Mm3; las de primer tipo están los forrajes, algodón y otros cultivos, mientras que los del segundo tipo esta la alfalfa, maíz y sorgo forrajero, nogal y hortalizas. Es importante recordar que de ese volumen de agua que se invierte en la Laguna (2,825 Mm3), el 43 por ciento es producto de la sobre extracción del acuífero, o bien que los 1,203 Mm3 de agua sobre extraídos del acuífero, constituyen 2.32 veces la recarga del mismo o un 1.71 veces la concesión.
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